Ante la necesidad de juveniles para las divisiones inferiores, César, llegó a Boca a principios de 1997. Llegó al club Xeneize junto con otros 5 jugadores, la llegada de estos 6 jugadores le costó a Boca 800.000 dólares. Una cifra elevada teniendo en cuenta que se trataba de jugadores que no habían debutado aun en Primera.

Con el Xeneize debutó en 1997 en un amistoso frente al Ajax de Van Gaal en La Bombonera, fue triunfo 3 a 2 y el Leche dejaría una buena imagen además de convertir el 2 a 2 (el tanto de la victoria lo hizo Pablo Islas). Sin embargo, este buen arranque finalizaría cuando en un partido amistoso frente al Porto, por la Premier Cup, vivió su primera gran frustración como profesional. Sobre sus 17 años se posaron las posibilidades de Boca en el certamen, pero su remate desde los doce pasos en la definición por penales rozó apenas el travesaño y salió desviado. Recibió el apoyo de sus compañeros, mientras veía cómo empezaban a festejar los portugueses. Entonces, no pudo contener las lágrimas, así relataba este momento el joven La Paglia: "No me sentía bien, por mi culpa perdió Boca y eso me duele muchísimo. Le quiero agradecer a mis compañeros por el apoyo que me dieron y estoy seguro que voy a salir de esto. Estoy triste porque erré el penal, pero también porque no jugué bien", comentó el volante.

A partir de ese momento vendría el debut oficial en la Bombonera por la Supercopa del 97 frente a Independiente y por el Apertura de ese año frente a Platense. No obstante, nunca en sus 54 partidos en el club pudo afirmarse como titular a pesar de haber integrado los planteles campeones del Apertura 98, Clausura 99 y Libertadores 2000. Es por esto que en el 2001 fue cedido a Talleres de Córdoba en busca de continuidad. A mediados del 2003, César regresó a Boca, con el gran objetivo de lograr la titularidad aunque sin mucho éxito a causa de múltiples lesiones, en el 2004 llega al CD Tenerife buscando resurgir.

-¿Cómo viste a Boca en la Supercopa?

"Lo vi bien, un partido parejo, el primer partido importante del año, Racing es un buen equipo, la verdad que fue un partido muy parejo y muy disputado, por momentos mejor Boca, por momentos mejor Racing, pero en líneas generales creo que por ser el primer partido del año, lo hizo bien".

-¿Qué pensás sobre la salida de Rossi?

"Una lástima, creo que era muy importante para el equipo, estaba teniendo un nivel muy bueno, más que nada una lástima, pero bueno hay cuestiones contractuales y cuestiones económicas que eso la gente de afuera no lo sabemos, entonces opinar sobre eso es complejo, pero sobre la actuación futbolística es una lástima, porque encontrar un arquero de esa característica es complicado".

-¿Crees que puede pelear la Copa Libertadores?

"Si, va a pelear la Libertadores seguramente, Boca por mística, por plantel, por un montón de cuestiones creo que va a estar peleando la Libertadores".

-¿Qué significó Boca en tu vida y en tu carrera?

"Para mí fue muy importante, desde chiquito fue mi sueño, y poder lograr mi objetivo que tenía desde pequeño, desde que comencé a jugar al fútbol no es menor, y bueno lo disfruté muchísimo".

-¿Te hubiese gustado volver al club?

"Siempre, pertenecer a la familia de Boca me hubiera encantado, poder volver y ayudar desde donde me toque, pero bueno, la vida a veces te va poniendo en diferentes lugares y uno a veces elige también, pero pertenecer siempre a la familia de Boca es muy bueno".