Se formó en el club, participando en sus divisiones inferiores desde 1992, defendió la camiseta del club Xeneize las temporadas 2000, 2001 y 2004. Se incorporó al club chileno Universidad Católica a mediados del año 2005, obteniendo el título Clausura el mismo año. Con este club se enfrentó a Boca Juniors, anotándole un gol en la Copa Sudamericana. En reiteradas ocasiones ha manifestado sus deseos de adoptar la nacionalidad chilena, y jugar por la selección de Chile.

El 26 de abril de 2009, en el partido de la Universidad Católica contra Unión Española, sufrió una rotura asilada del ligamento cruzado anterior en la rodilla derecha, lo que lo dejo por lo menos 6 meses fuera de la actividad. En diciembre de 2009 se anuncia que no se le renueva el contrato con la UC.

Luego de terminar su contrato en diciembre del 2009, Facundo Imboden dejó de ser parte de Universidad Católica y empezó a buscar club para continuar su carrera. Es así, como el 26 de enero de 2010, firmó con Gimnasia y Esgrima de la Plata por un periodo de 6 meses. Luego de dejar el Lobo, Facundo firmó el 13 de julio de 2010 con Ferrocarril Oeste, club de la segunda división Argentina. Llegó a reforzar el plantel de Ferro junto a Juan Manuel Herbella y otros 9 jugadores.

El 27 de junio de 2011 se anuncia el fichaje de Imboden con el Club Deportivo Cuenca de Ecuador, por el lapso de un año, luego se retiró a finales de ese año.

-¿Cómo viste a la selección?

"Ala selección la vi de menor a mayor, le sirvió muchísimo el cachetazo que le dio Arabia Saudita para decir estamos en el mundial y no podemos relajarnos, y después de eso arrancó la selección que nos emocionó a todos".

-¿Te gustó como jugó?

"Si me gustó mucho, porque se sabía a qué jugaba y sabíamos que era un equipo entre los experimentados y los juveniles, todos querían ganar el mundial".

-¿Cómo ves a Boca para el 2023?

"Boca es siempre candidato, lo veo bien, pero sabemos que tiene que mejorar".

-¿Crees que tiene chances de pelear la Libertadores?

"Siempre tiene chances, pero hoy sabemos que el fútbol brasileño tiene más potencial, pero adentro de la cancha se juega 11 vs 11".

-¿Qué significó en tu carrera haber jugado en Boca?

"Significó darme la posibilidad de debutar en el equipo más grande del mundo, donde defendí los colores desde los 9 años. Me dio todo y aprendí muchísimo, para después seguir mi carrera que duro 12 años, fui muy feliz en Boca".