A mediados de 2006, Boca lo llevó a sus filas, debutó con la azul y amarilla el 19 de agosto (1-0 a Independiente en La Bombonera), jugando los últimos 12 minutos del partido (reemplazó a Guillermo Marino). Durante sus primeros meses, Jesús mostraba grandes dificultades para adaptarse a su nuevo club, obteniendo pocos minutos en el campo, malas actuaciones y la reprobación general de los aficionados Xeneizes. Durante 2007 mostró algunas mejorías, ya que se le notaba menos nervioso en el campo de juego.

En 2008 llegó su esperado despegue, en los primeros días de ese año había una oferta del Colo-Colo chileno para obtener los servicios del volante, pero el jugador se encerró en una habitación de la concentración junto con el presidente Pedro Pompilio y le suplicó que no lo traspasaran, que su deseo era mejorar su nivel y convertirse en un jugador querido por los aficionados.

Mostró grandes actuaciones durante la Copa Libertadores de ese año, además fue una pieza fundamental en el equipo que obtuvo el Apertura 2008. Los medios de prensa en más de una ocasión describieron al jugador usando adjetivos como "eléctrico", aunque este último puede haberse debido principalmente a su corte de cabello, que es reminiscente de la repulsión electrostática que sentirían sus cabellos si tuvieran carga eléctrica neta. Finalizó el año siendo uno de los jugadores más queridos por la hinchada.

Marcó 9 goles en Boca: a Bolívar (7-0), a Quilmes (2-1), a Argentinos Juniors (4-0) a Colón (2-1) y a Gimnasia y Esgrima de Jujuy (2-1); convirtió los 2 goles, a Maracaibo (3-0), a Cruzeiro y de penal a la Liga de Quito (1-1). El 28 de enero de 2009, después de demostrar grandes asistencias a sus compañeros de equipo y de meterle dos goles a River Plate en el torneo de verano, fue oficial su traspaso al Napoli de la Serie A.

-¿Cómo viste a Boca el otro día frente a Racing?

"Bien, no se puede evaluar mucho porque es un partido, y puede pasar cualquier cosa, Racing también viene creciendo, fue un partido difícil. Pero Boca es Boca y seguramente se va a recuperar después de haber perdido".

-¿Crees que puede pelear la Copa Libertadores?

"Boca siempre tiene que pelear la Libertadores, su historia te obliga a jugarla para ganarla, después obviamente que es complicada ganarla, fíjate que desde el 2007 que Boca no la gana, pero cada vez que Boca juega la Copa, la camiseta te exige a ganarla".

-¿Es muy difícil el famoso Mundo Boca?

"El mundo Boca es difícil pero a la vez es muy bueno, obviamente te tienen que acompañar los triunfos, pero la verdad que es un mundo diferente. Pero siempre volvemos a la historia y eso hace que te exija al máximo, me pasaba en las calles cuando iba a comprar, que te decían que el domingo hay que ganar, principalmente los clásicos, y bueno, por suerte en la época que estuve nos fue bárbaro y pudimos hacer feliz a la hinchada de Boca con muchos títulos".

-¿Qué significó en tu vida y en tu carrera jugar en Boca?

"Gracias a dios me ayudó mucho a crecer como persona y profesional, en la época que yo jugué estaban todos los históricos y la verdad que aprendí muchísimo con ellos, a Boca siempre le voy a estar agradecido porque me dio la posibilidad de mostrar mi fútbol para ser vendido al Napoli. Tengo recuerdos impresionantes con mis ex compañeros, la Libertadores fue fantástica y quedara grabada siempre en mi mente".

-¿Te hubiese gustado volver?

"Me hubiese gustado volver, claro, pero no se dio, apareció la oportunidad de Banfield y no dude porque siempre fue y será mi casa, así que feliz de la vida".