Ayala inició su carrera deportiva en Boca Juniors, donde realizó sus divisiones inferiores. Tras la partida del arquero Aldo Bobadilla, logró ascender como cuarto arquero, detrás de Mauricio Caranta, Pablo Migliore y Javier Hernán García, luego, ascendió al puesto de tercer arquero tras la partida de Pablo Migliore a Racing Club.

A pesar de no haber debutado oficialmente como titular en el club Xeneize, obtuvo su primer título internacional al ganar la Recopa Sudamericana, luego de derrotar globalmente (3-1, 2-2) a Arsenal de Sarandí. En esos partidos, ocupaba un lugar entre los citados de la lista de buena fe del equipo, fue el arquero suplente de Boca, por decisión del entrenador Carlos Ischia, luego de la baja producción del habitual titular Mauricio Caranta. El 17 de marzo de 2008, Ayala sufrió un accidente viajando desde el club hacia su casa acompañado por su compañero Pablo Migliore. Afortunadamente, este accidente no tuvo consecuencias físicas de gravedad para ambos arqueros.

El 23 de diciembre de 2008 debutó en primera durante la final del Torneo Apertura 2008 jugada ante Tigre remplazando a Javier García durante el segundo tiempo. En dicho partido Boca se coronó campeón a pesar de caer 1-0. Un año después, el 23 de diciembre del 2009, fue asaltado y apuñalado en su casa, afortunadamente, el cuchillo solo atravesó tejido muscular, evitando una gran tragedia. Volvió a vestir el buzo de Boca el día 8 de abril de 2010 ante Colón de Santa Fe. En esa ocasión, el conjunto Xeneize cayó 3-0, lamentablemente para él, la titularidad le duró sólo esa jornada, un día más tarde Roberto Pompei asumía como nuevo DT tras la renuncia de Abel Alves, y nuevamente insertó a García como titular.

-¿Cómo lo viste a Boca en el partido por la Supercopa Internacional?

"Honestamente no vi el partido entero porque me estaba mudando, así que mucho no te puedo decir, si vi algo del resumen, me pareció que Boca hizo un partido bastante discreto, y bueno predomino por ahí Racing y tuvo premio, pero bueno, no podemos obviar la jerarquía que tienen los jugadores de Boca".

-¿Qué opinión tenés sobre Rossi?

"Sobre Rossi puntualmente como arquero, sin hacer ninguna otra valoración creo que es uno de los arqueros que más constante ha sido en los últimos dos o tres años, algo que se le recriminaba, y bueno pudo mantener esa regularidad porque es un gran arquero".

-¿Crees que Boca puede pelear la Copa Libertadores?

"Por historia y por nombre, Boca tiene la obligación de pelearla, de creerse candidato, pero bueno después la verdad que los equipos brasileros están muy fuertes y va a ser difícil, porque en los últimos años creo que vienen predominando, pero Boca o algún otro equipo aunque sea medio de sorpresa, tienen que tratar de hacerlo".

-¿Qué significó Boca en tu vida y en tu carrera?

"Boca en mi vida es el club que me dio la posibilidad de ser profesional, de cumplir mi sueño de dedicarme al fútbol, muy importante en mi formación como profesional como te decía, desde los diez u once años que estoy en el mundo Boca, y bueno ahora lo veo desde otro lugar, pero siempre con los mejores recuerdos y muy agradecido".

-¿Te hubiese gustado volver al club?

"Por supuesto que sí, más allá que hay un montón de lugares nuevos para caminar dentro de lo que es Boca, también hay lugares comunes, y bueno, la hinchada que tiene, la trascendencia de cada partido, el mundo Boca es muy hermoso, así que sería un sueño poder volver a esa cancha, por lo menos con otro equipo, ya lo he hecho un par de veces, con Atlético Tucumán me fue bien para el equipo le pudimos ganar 2-1, y con Temperley perdimos 1-0 sino me equivoco y le pude atajar un penal a Carlitos Tévez, así que los partidos que me toco jugar en ese hermoso Estadio, también son con un buen recuerdo".